Ftp

По ftp не видно файлов .htaccess

В *nix системах все файлы начинающиеся с точки считаются скрытыми. Обычно в настройках ftp клиента есть галочка "показывать скрытые файлы". Для вашего же удобства используйте FTP клиент: Filezilla, который доступен для бесплатного скачивания на официальном сайте: http://filezilla.ru/ Так же возможно сделать чтобы ftp сервер их всегда отображал. Для proftpd надо прописать в файл /usr/local/etc/proftpd.conf строку

ListOptions -la

Не могу зайти пользователем root

Так как протокол ftp не предполагает шифрования то во время передачи сравнительно легко украсть пароль. Из соображений безопастности доступ пользователем root по ftp отключен. Это стандартная настройка FreeBSD. Если вам всёже необходимо иметь доступ к серверу через ftp протокол, то используйте протокол SFTP.