Apache

Как включить mod_rewrite и разрешить его в .htaccess

Для включения mod_rewrite достаточно чтобы модуль mod_rewrite.so был загружен в apache. Чтобы директивы mod_rewrite можно было использовать надо в соответсвующем разделе "<Directory /путь/до/директории>" прописать
AllowOverride FileInfo

Как запретить апачу логи писать?

Логи лучше не отключать в большинстве случаев достаточно просто чаще настроить ротацию. Сделать это можно в разделе "www-домены" там есть кнопка "Ротация логов". Подробнее в докумнетации: Как работает ротация логов

Если все таки решили их отключить то ищем соответствующую строку в файле httpd.conf и путь до файла лога меняем на /dev/null. Должно получитсья что-то вроде:

CustomLog /dev/null combined
ErrorLog /dev/null

Как изменить ssl-сертификат, выданный при регистрации сервера?

# cd /usr/local/etc/apache/
# openssl req -new -newkey rsa:1024 -nodes -keyout ssl.key/server.key -x509 -days 5000 -out ssl.crt/server.crt

Далее отвечаете на вопросы и перезапускаете сервер Apache (apachectl restart)